[FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

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[FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Jäger, Frank (KRZ)
Hallo,
ich möchte in einem Bash-Script die DOPs vom Land NRW für einen WMS aufbereiten.

Die 2014er hatte ich als RGBI-GeoTIFF bekommen, also 4 Kanäle, und so verarbeiten können.
Die 2017er stehen nun im Format ".jp2" zum Download. Das Tool "gdalinfo" erzählt mir was über die eingebetteten Koordinaten (geo) und die 4 Kanäle (RGBI).

Aber "gdal_translate" verschluckt sich dran, wenn es RGB daraus ziehen soll.

  error: cannot decode code stream
  ...
 Invalid tag "Predictor" (not supported by codec)
  ...
  band 1: IReadBlock failed at X offset 0, Y offset 0

Ich versuche nun unter Debian 8 die GDAL-Version 2.3.1 zu compilieren.
Entweder kann sie keine JP2 (configure .. --with-openjpeg) oder sie kann nur JP2 ohne Geo (--with-jasper).
Wenn ich auch JasPer oder GeoJasPer vorher aus Quellen compiliere und dem GDAL beim configure unterschiebe, endet der "make" nach 3 Tassen Kaffee mit einem Fehler und dem Rat "recompile with -fPIC".

Hat jemand ein Compile-Script für ein GDAL auf Debian 8 (Jessie), das auch das Eingabeformat GeoJPEG2000 für "gdal_translate" unterstützt?

Alternativ: Wie kann ich in einem Script das 4-Kanal-Geo-JPEG2000 in GeoTiff umwandeln, wenn nicht mit gdal-translate?

Mit freundlichen Grüßen
Frank Jäger
-------------- nächster Teil --------------
Ein Dateianhang mit Binärdaten wurde abgetrennt...
Dateiname   : smime.p7s
Dateityp    : application/pkcs7-signature
Dateigröße  : 2411 bytes
Beschreibung: nicht verfügbar
URL         : <http://lists.fossgis.de/pipermail/fossgis-talk-liste/attachments/20180705/cfa43618/attachment.bin>
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4.-7. Juli 2018, Universität Salzburg
https://agit.at

FOSSGIS Veranstaltungen 2018
https://www.fossgis.de/node/306

FOSSGIS e.V, der Verein zur Förderung von Freier Software aus dem
GIS-Bereich und Freier Geodaten!
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Christoph Hormann
On Thursday 05 July 2018, Jäger, Frank (KRZ) wrote:

> Hallo,
> ich möchte in einem Bash-Script die DOPs vom Land NRW für einen WMS
> aufbereiten.
>
> Die 2014er hatte ich als RGBI-GeoTIFF bekommen, also 4 Kanäle, und so
> verarbeiten können. Die 2017er stehen nun im Format ".jp2" zum
> Download. Das Tool "gdalinfo" erzählt mir was über die eingebetteten
> Koordinaten (geo) und die 4 Kanäle (RGBI).
>
> Aber "gdal_translate" verschluckt sich dran, wenn es RGB daraus
> ziehen soll.
>
> [...]

Wenn GDAL die Koordinatensystem-Informationen lesen kann, aber die
Bilddaten selbst nicht kann man folgendes versuchen:

* Bild mit Imagemagick `convert` in Tiff umwandeln - dabei wird der
vierte Kanal gewöhnlich als Alpha interpretiert (was aber nichts macht,
wenn man ihn nicht braucht) und das geht nicht für alle Datentypen.
* Koordinaten-Daten mit gdalcopyproj.py vom jp2 aufs Tiff transferieren.
* Sich daraus mit gdal_translate ein RGB-Tiff stricken (also z.B.
gdal_translate -b 1 -b 2 -b 3 -co PHOTOMETRIC=RGB in.tif out.tif)

Grüße,

--
Christoph Hormann
http://www.imagico.de/
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Bretschneider, Danilo
In reply to this post by Jäger, Frank (KRZ)
Hallo,

falls ein kleiner Datenbestand heruntergeladen werden soll, besteht die Möglichkeit, die entsprechenden Kacheln über die Downloadfunktion in der Anwendung TIM-online 2.0 zu ermitteln/herunterzuladen (https://www.tim-online.nrw.de/tim-online2/).

Der Nutzer wählt das DOP-Produkt (RGB / RGBA / NIR / CIR), das Datenformat (*.tiff) sowie das entsprechende Gebiet aus. Anhand der ausgewählten Kacheln werden WCS-Request generiert, welche anschließend ausgeführt werden können.
Zusätzlich wird eine Datei generiert, welche die WCS-Requests enthält. Über ein Batch-Prozess kann man die entsprechenden Kacheln dann, z.B. über wget, herunterladen und weiterverarbeiten.

Die Tiff-Datei enthalten die Georeferenz.

Mit freundlichen Grüßen
Im Auftrag

Danilo Bretschneider

--

Bezirksregierung Köln
Dezernat 74 - Geodatenzentrum & Geodateninfrastruktur
50606 Köln

Dienstgebäude: Muffendorfer Str. 19-21, 53177 Bonn
Telefon: + 49 (0) 221 - 147 - 4989
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Folgen Sie uns auf Twitter: https://twitter.com/BezRegKoeln

>-----Ursprüngliche Nachricht-----
>Von: FOSSGIS-Talk-Liste [mailto:[hidden email]] Im Auftrag
>von Jäger, Frank (KRZ)
>Gesendet: Donnerstag, 5. Juli 2018 17:56
>An: [hidden email]
>Betreff: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000
>
>Hallo,
>ich möchte in einem Bash-Script die DOPs vom Land NRW für einen WMS
>aufbereiten.
>
>Die 2014er hatte ich als RGBI-GeoTIFF bekommen, also 4 Kanäle, und so
>verarbeiten können.
>Die 2017er stehen nun im Format ".jp2" zum Download. Das Tool "gdalinfo" erzählt
>mir was über die eingebetteten Koordinaten (geo) und die 4 Kanäle (RGBI).
>
>Aber "gdal_translate" verschluckt sich dran, wenn es RGB daraus ziehen soll.
>
>  error: cannot decode code stream
>  ...
> Invalid tag "Predictor" (not supported by codec)
>  ...
>  band 1: IReadBlock failed at X offset 0, Y offset 0
>
>Ich versuche nun unter Debian 8 die GDAL-Version 2.3.1 zu compilieren.
>Entweder kann sie keine JP2 (configure .. --with-openjpeg) oder sie kann nur JP2
>ohne Geo (--with-jasper).
>Wenn ich auch JasPer oder GeoJasPer vorher aus Quellen compiliere und dem
>GDAL beim configure unterschiebe, endet der "make" nach 3 Tassen Kaffee mit
>einem Fehler und dem Rat "recompile with -fPIC".
>
>Hat jemand ein Compile-Script für ein GDAL auf Debian 8 (Jessie), das auch das
>Eingabeformat GeoJPEG2000 für "gdal_translate" unterstützt?
>
>Alternativ: Wie kann ich in einem Script das 4-Kanal-Geo-JPEG2000 in GeoTiff
>umwandeln, wenn nicht mit gdal-translate?
>
>Mit freundlichen Grüßen
>Frank Jäger
>-------------- nächster Teil --------------
>Ein Dateianhang mit Binärdaten wurde abgetrennt...
>Dateiname   : smime.p7s
>Dateityp    : application/pkcs7-signature
>Dateigröße  : 2411 bytes
>Beschreibung: nicht verfügbar
>URL         : <http://lists.fossgis.de/pipermail/fossgis-talk-
>liste/attachments/20180705/cfa43618/attachment.bin>
>--
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>4.-7. Juli 2018, Universität Salzburg
>https://agit.at
>
>FOSSGIS Veranstaltungen 2018
>https://www.fossgis.de/node/306
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>GIS-Bereich und Freier Geodaten!
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>[hidden email]
>https://lists.fossgis.de/mailman/listinfo/fossgis-talk-liste
-------------- nächster Teil --------------
Ein eingebundener Text mit undefiniertem Zeichensatz wurde abgetrennt.
Name: 2018-07-06-10-24-timonline.txt
URL: <http://lists.fossgis.de/pipermail/fossgis-talk-liste/attachments/20180706/8c1d04df/attachment.txt>
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Markus Neteler
In reply to this post by Jäger, Frank (KRZ)
Hallo,

2018-07-05 17:55 GMT+02:00 Jäger, Frank (KRZ) <[hidden email]>:
> Hallo,
> ich möchte in einem Bash-Script die DOPs vom Land NRW für einen WMS aufbereiten.
>
> Die 2014er hatte ich als RGBI-GeoTIFF bekommen, also 4 Kanäle, und so verarbeiten können.
> Die 2017er stehen nun im Format ".jp2" zum Download. Das Tool "gdalinfo" erzählt mir was über die eingebetteten Koordinaten (geo) und die 4 Kanäle (RGBI).
>
> Aber "gdal_translate" verschluckt sich dran, wenn es RGB daraus ziehen soll.
>
>   error: cannot decode code stream

das liegt am verwendeten Treiber. Ich verwende hier

gdalinfo --version
GDAL 2.2.4, released 2018/03/19

Bei Fedora ist dieser JP2 Treiber eingebunden (kann man sehen mit
"-debug on" flag)

gdalinfo --debug on 15_dop20rgbi_32377_5629_1_nw.jp2
GNM: GNMRegisterAllInternal
GNM: RegisterGNMFile
GNM: RegisterGNMdatabase
OPENJPEG: info: Start to read j2k main header (0).
OPENJPEG: info: Main header has been correctly decoded.
OPENJPEG: Grayscale color space
GDALJP2Metadata: Got projection from GeoJP2 (geotiff) box (0):
PROJCS["ETRS89 / UTM zone
32N",GEOGCS["ETRS89",DATUM["European_Terrestrial_Reference_System_1989",SPHEROID["GRS
1980",6378137,298.257222101,AUTHORITY["EPSG","7019"]],TOWGS84[0,0,0,0,0,0,0],AUTHORITY["EPSG","6258"]],PRIMEM["Greenwich",0,AUTHORITY["EPSG","8901"]],UNIT["degree",0.0174532925199433,AUTHORITY["EPSG","9122"]],AUTHORITY["EPSG","4258"]],PROJECTION["Transverse_Mercator"],PARAMETER["latitude_of_origin",0],PARAMETER["central_meridian",9],PARAMETER["scale_factor",0.9996],PARAMETER["false_easting",500000],PARAMETER["false_northing",0],UNIT["metre",1,AUTHORITY["EPSG","9001"]],AXIS["Easting",EAST],AXIS["Northing",NORTH],AUTHORITY["EPSG","25832"]]
GDAL: GDALOpen(15_dop20rgbi_32377_5629_1_nw.jp2, this=0x560b85863480)
succeeds as JP2OpenJPEG.
Driver: JP2OpenJPEG/JPEG-2000 driver based on OpenJPEG library

^---- OpenJPEG library

Files: 15_dop20rgbi_32377_5629_1_nw.jp2
Size is 5000, 5000
Coordinate System is:
PROJCS["ETRS89 / UTM zone 32N",
    GEOGCS["ETRS89",
        DATUM["European_Terrestrial_Reference_System_1989",
            SPHEROID["GRS 1980",6378137,298.257222101,
                AUTHORITY["EPSG","7019"]],
[...]
    AXIS["Northing",NORTH],
    AUTHORITY["EPSG","25832"]]
Origin = (377000.000000000000000,5630000.000000000000000)
Pixel Size = (0.200000000000000,-0.200000000000000)
Image Structure Metadata:
  INTERLEAVE=PIXEL
OGRCT: PROJ >= 4.8.0 features enabled
OGRCT: Using locale-safe proj version
OGRCT: Source: +proj=utm +zone=32 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0
+units=m +no_defs
OGRCT: Target: +proj=longlat +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +no_defs
Corner Coordinates:
Upper Left  (  377000.000, 5630000.000) (  7d15'15.19"E, 50d48'31.17"N)
Lower Left  (  377000.000, 5629000.000) (  7d15'16.40"E, 50d47'58.82"N)
Upper Right (  378000.000, 5630000.000) (  7d16' 6.26"E, 50d48'31.94"N)
Lower Right (  378000.000, 5629000.000) (  7d16' 7.46"E, 50d47'59.58"N)
Center      (  377500.000, 5629500.000) (  7d15'41.33"E, 50d48'15.38"N)
Band 1 Block=1024x1024 Type=Byte, ColorInterp=Undefined
  Overviews: 2500x2500, 1250x1250, 625x625, 312x312, 156x156, 78x78
  Overviews: arbitrary
  Image Structure Metadata:
    COMPRESSION=JPEG2000
Band 2 Block=1024x1024 Type=Byte, ColorInterp=Undefined
[...]


> Ich versuche nun unter Debian 8 die GDAL-Version 2.3.1 zu compilieren.

Es wird auch mit GDAL 2.2.x gehen (für GDAL 2.1 habe ich mal einen
Patch gemacht, siehe
https://bugzilla.redhat.com/attachment.cgi?id=1437926&action=diff)

> Entweder kann sie keine JP2 (configure .. --with-openjpeg)

Bei Fedora ist es openjpeg2-2.3.0-6.fc28.x86_64. Welcher Fehler tritt auf?

Schöne Grüße,
Markus


--
Markus Neteler, PhD
http://www.mundialis.de - free data with free software
http://grass.osgeo.org
http://courses.neteler.org/blog
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Jäger, Frank (KRZ)
In reply to this post by Christoph Hormann
> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: FOSSGIS-Talk-Liste [mailto:[hidden email]] Im
> Auftrag von Christoph Hormann
> Gesendet: Donnerstag, 5. Juli 2018 18:29
> An: [hidden email]
> Betreff: Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000
>
> On Thursday 05 July 2018, J�ger, Frank (KRZ) wrote:
> > Hallo,
> > ich m�chte in einem Bash-Script die DOPs vom Land NRW f�r einen WMS
> > aufbereiten.
> >
> > Die 2014er hatte ich als RGBI-GeoTIFF bekommen, also 4 Kan�le, und so
> > verarbeiten k�nnen. Die 2017er stehen nun im Format ".jp2" zum
> > Download. Das Tool "gdalinfo" erz�hlt mir was �ber die eingebetteten
> > Koordinaten (geo) und die 4 Kan�le (RGBI).
> >
> > Aber "gdal_translate" verschluckt sich dran, wenn es RGB daraus
> > ziehen soll.
> >
> > [...]
...
>
> * Bild mit Imagemagick `convert` in Tiff umwandeln - dabei wird der
> vierte Kanal gew�hnlich als Alpha interpretiert (was aber nichts macht,
> wenn man ihn nicht braucht) und das geht nicht f�r alle Datentypen.
> * Koordinaten-Daten mit gdalcopyproj.py vom jp2 aufs Tiff transferieren.

Hallo,
die World-Files kann man auch getrennt runter laden, das ist kein Problem.
Aber ich brauche auch den Infrarot-Kanal.  Aus Rot und Infrarot generiere ich mit ein wenig Pixel-Voodoo eine NDVI-Darstellung was m.E. viel aussagekräftiger ist als FCIR,

https://de.wikipedia.org/wiki/Normalized_Difference_Vegetation_Index 


Frank

>
> Gr��e,
>
> --
> Christoph Hormann
> http://www.imagico.de/
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-------------- nächster Teil --------------
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Christoph Hormann
On Friday 06 July 2018, Jäger, Frank (KRZ) wrote:

>
> > * Bild mit Imagemagick `convert` in Tiff umwandeln - dabei wird der
> > vierte Kanal gew�hnlich als Alpha interpretiert (was aber nichts
> > macht, wenn man ihn nicht braucht) und das geht nicht f�r alle
> > Datentypen. * Koordinaten-Daten mit gdalcopyproj.py vom jp2 aufs
> > Tiff transferieren.
>
> Hallo,
> die World-Files kann man auch getrennt runter laden, das ist kein
> Problem. Aber ich brauche auch den Infrarot-Kanal.  Aus Rot und
> Infrarot generiere ich mit ein wenig Pixel-Voodoo eine
> NDVI-Darstellung was m.E. viel aussagekräftiger ist als FCIR,

Prinzipiell kommt man mit gdal_translate am Ende auch an den vierten
Kanal ran.

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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Jäger, Frank (KRZ)
In reply to this post by Bretschneider, Danilo
> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: Bretschneider, Danilo [mailto:[hidden email]]
> Gesendet: Freitag, 6. Juli 2018 10:30
> An: Jäger, Frank (KRZ); [hidden email]
> Betreff: AW: gdal_translate fuer GeoJPEG2000
>
> Hallo,
>
> falls ein kleiner Datenbestand heruntergeladen werden soll,


Relativ ....
Ich arbeite für 14 Gemeinden.

/dop/2014ndvi$ ls dop10*.tif -la | wc -l
1205

Ich muss also 1205 Kilometer-Kacheln laden.


>  besteht die
> Möglichkeit, die entsprechenden Kacheln über die Downloadfunktion in der
> Anwendung TIM-online 2.0 zu ermitteln/herunterzuladen (https://www.tim-
> online.nrw.de/tim-online2/).
>
> Der Nutzer wählt das DOP-Produkt (RGB / RGBA / NIR / CIR), das Datenformat
> (*.tiff) sowie das entsprechende Gebiet aus. Anhand der ausgewählten Kacheln
> werden WCS-Request generiert, welche anschließend ausgeführt werden
> können.
> Zusätzlich wird eine Datei generiert, welche die WCS-Requests enthält. Über
> ein Batch-Prozess kann man die entsprechenden Kacheln dann, z.B. über wget,
> herunterladen und weiterverarbeiten.

Interessante Alternative.
Allerdings erhöht sich das Download-Volumen bei TIF statt JP2 um den Faktor 10 - 15.

Ich habe mal eine Kachel getestet:
In Schritt "1. Produkt" habe ich RGBI ausgewählt (4 Kanäle).
Bekommen habe ich laut gdalinfo aber nur RGB (3 Kanäle). Dateigröße 293 MByte.

Die unkomprimierten TIFF RGBI 10cm in 2014 waren konstant 409 MByte gross.

 

> Die Tiff-Datei enthalten die Georeferenz.
>
> Mit freundlichen Grüßen
> Im Auftrag
>
> Danilo Bretschneider
>
> --
>
> Bezirksregierung Köln
> Dezernat 74 - Geodatenzentrum & Geodateninfrastruktur
> 50606 Köln
>

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Ein Dateianhang mit Binärdaten wurde abgetrennt...
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Dateityp    : application/pkcs7-signature
Dateigröße  : 2411 bytes
Beschreibung: nicht verfügbar
URL         : <http://lists.fossgis.de/pipermail/fossgis-talk-liste/attachments/20180706/ffef0cb3/attachment.bin>
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Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000

Jäger, Frank (KRZ)
In reply to this post by Markus Neteler
> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: [hidden email] [mailto:[hidden email]] Im Auftrag
> von Markus Neteler
> Gesendet: Freitag, 6. Juli 2018 10:48
> An: Jäger, Frank (KRZ)
> Cc: [hidden email]
> Betreff: Re: [FOSSGIS-Talk] gdal_translate fuer GeoJPEG2000
>

....
> Bei Fedora ist es openjpeg2-2.3.0-6.fc28.x86_64. Welcher Fehler tritt auf?
>
> Schöne Grüße,
> Markus


Hallo,
Debian 8 ist derzeit die Generation "Old-Stable", danach kommt "Stable", dann "Testing".
Daher ist auch die mitgelieferte GDAL-Version grottenalt:

$ gdalinfo --version
GDAL 1.10.1, released 2013/08/26

$ gdal_translate 00_dop10rgbi_32488_5752_1_nw.jp2  testbild.tif -of GTiff -b 1 -b 2 -b 3
Input file size is 10000, 10000
error: cannot decode code stream
0ERROR 1: 00_dop10rgbi_32488_5752_1_nw.jp2, band 1: IReadBlock failed at X offset 0, Y offset 0
ERROR 1: GetBlockRef failed at X block offset 0, Y block offset 0


Daher baue ich GDAL selbst, z.B. 2.2 auf Prod-Server:

$ /opt/gdal-2.2/bin/gdalinfo --version
GDAL 2.2.3, released 2017/11/20

$ /opt/gdal-2.2/bin/gdalinfo --debug on 00_dop10rgbi_32488_5752_1_nw.jp2
GNM: GNMRegisterAllInternal
GNM: RegisterGNMFile
GNM: RegisterGNMdatabase
JPEG2000: IHDR box found. Dump: width=10000, height=10000, numcmpts=4, bpp=8
JPEG2000: Component 0: bpp=8, signedness=0
JPEG2000: Component 1: bpp=8, signedness=0
JPEG2000: Component 2: bpp=8, signedness=0
JPEG2000: Component 3: bpp=8, signedness=0
GDALJP2Metadata
    .....
Upper Left  (  488000.000, 5753000.000) (  8d49'31.74"E, 51d55'39.36"N)
Lower Left  (  488000.000, 5752000.000) (  8d49'31.86"E, 51d55' 6.99"N)
Upper Right (  489000.000, 5753000.000) (  8d50'24.09"E, 51d55'39.43"N)
Lower Right (  489000.000, 5752000.000) (  8d50'24.21"E, 51d55' 7.06"N)
Center      (  488500.000, 5752500.000) (  8d49'57.98"E, 51d55'23.21"N)
Getötet
$

Für meine Versuche, auf dem Test-Server einen JP2-Treiber ins GDAL einzubeziehen (configure .. --with-openjpeg oder --with-jasper) verwende ich nun GDAL 2.3.

So langsam dämmert es mir, dass - ganz egal welches gdal oder JasPer ich verwende - der JPG-Treiber im ollen Debian nicht ausreicht da er von allen anderen Programmen verwendet wird.
Vorhanden sind:
libopenjpeg2 Version: 1.3+dfsg-4.8
libopenjpeg5 Version: 1:1.5.2-3

Ein dist-upgrade ist wohl überfällig.

MfG
Frank Jäger


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Dateityp    : application/pkcs7-signature
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