Consumo de recursos alto - Geonetwork

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Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Hola a todos

El consumo de recursos de servidor por Geonetwork se disparó en los últimos días. Cuando hago un top -c a través de ssh, la CPU% esta muy alto:

PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S   %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
1909 root      20 0 3029m 751m  21m S 99.9 40.2  89:53.39 /usr/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.lo

Qué podría estar causando este consumo??

Agradezco me puedan ayudar.

Geonetwork: 2.10.4
SO: Centos 6.5
Tomcat: 7.0.55

Gracias
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
2015-06-22 20:56 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Hola a todos
>
> El consumo de recursos de servidor por Geonetwork se disparó en los últimos
> días. Cuando hago un top -c a través de ssh, la CPU% esta muy alto:
>
> PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S   %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
> 1909 root      20 0 3029m 751m  21m S 99.9 40.2  89:53.39 /usr/bin/java
> -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties
> -Djava.util.lo
>
> Qué podría estar causando este consumo??

Hola,

Pueden ser muchas cosas.

¿Qué dice el log que está haciendo en esos momentos? ¿Tienes
harvesters? ¿Se te habrá corrompido el índice? ¿Alguien te está
haciendo harvester? (eso puedes verlo o bien en algún apache
intermedio que tengas o bien por pistas que van saliendo en el log)

Un saludo,
María.

>
> Agradezco me puedan ayudar.
>
> Geonetwork: 2.10.4
> SO: Centos 6.5
> Tomcat: 7.0.55
>
> Gracias
>
>
>
>
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Hola Maria

Gracias por tu oportuna respuesta. Te cuento que no realizamos harversters, en los logs que alcancé a revisar se evidenciaron rutinas normales como la edición de metadatos, todo muy normal. Le he realizado un reboot al server y todo volvió a la normalidad, me he alcanzado a alertar al respecto.

Gracias.

Saludos
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
2015-06-24 23:00 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Hola Maria
>
> Gracias por tu oportuna respuesta. Te cuento que no realizamos harversters,
> en los logs que alcancé a revisar se evidenciaron rutinas normales como la
> edición de metadatos, todo muy normal. Le he realizado un reboot al server y
> todo volvió a la normalidad, me he alcanzado a alertar al respecto.
>
> Gracias.
>
> Saludos

Si te vuelve a pasar, comprueba dos cosas: el acceso a disco (sudo
iotop) y si la base de datos está siendo ralentizada por algo (por
ejemplo, otras aplicaciones lanzándole queries complejas o que está
reindexándose automáticamente).

Un saludo,
María.

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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Vale Maria, muchas gracias por tus aportes.Lo tendré en cuenta.

Recuerdas este post:

http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/busquedas-avanzadas-en-geonetwork-td5204115.html

Es que necesitamos incluir el campo "Autor" para las búsquedas avanzadas en Geonetwork. Podrías indicarme alguna guía de cómo realizar el proceso???

Muchas gracias
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
Cómo aprovechas que estoy contestando :P

Vamos a ver, lo primero es que te des una vuelta por aquí:
http://geonetwork-opensource.org/manuals/trunk/eng/users/admin/advanced-configuration/index.html#lucene-configuration

¿Tienes alguna idea de Lucene? Si no, al menos lee un poco sobre qué
es Lucene. No hace falta que entres en mucha profundidad, es para que
entiendas lo que haces.

Luego date una vuelta por los index-fields:
https://github.com/geonetwork/core-geonetwork/blob/2.10.x/web/src/main/webapp/WEB-INF/data/config/schema_plugins/iso19139/index-fields.xsl

En GeoNetwork 3.x es aquí:
https://github.com/geonetwork/core-geonetwork/tree/develop/schemas/iso19139/src/main/plugin/iso19139/index-fields

Ese index-fields genera un XML que es el que usa Lucene para indexar,
si no recuerdo mal.

Recuerda que a cada cambio tienes que refrescar la configuración y
regenerar el índice (eso anda por la administración).

Si no me acuerdo mal, con tener el campo indexado ahí, ya puedes
usarlo como parámetro en las búsquedas del servicio Q. Si quieres que
te salga como facets o en el summary habría que darle un par de
vueltas más.

Un saludo,
María.


2015-06-25 17:03 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Vale Maria, muchas gracias por tus aportes.Lo tendré en cuenta.
>
> Recuerdas este post:
>
> http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/busquedas-avanzadas-en-geonetwork-td5204115.html
>
> Es que necesitamos incluir el campo "Autor" para las búsquedas avanzadas en
> Geonetwork. Podrías indicarme alguna guía de cómo realizar el proceso???
>
> Muchas gracias
>
>
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Hola Maria...

Le eche un vistazo a los links que me suministras, al igual de este:

http://geomati.co/dataportal/search-service.html

Si es como lo entendí, armé esta sintaxis, puesto que el requerimiento es utilizar la búsqueda por el "autor" de los metadatos:

/opt/tomcat/webapps/geonetwork/WEB-INF/data/config/schema_plugins/iso19139/index-fields

1.

<xsl:for-each select="gmd:contact/gmd:CI_ResponsibleParty/gmd:individualName/gco:CharacterString">
    <Field name="autormeta" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
</xsl:for-each>

2.

En /opt/tomcat/webapps/geonetwork/WEB-INF/config-lucene.xml

<tokenized>
  <Field name="autormeta"/>

y

<dumpFields>
  <field name="autormeta" tagName="autormeta"/>

Como estoy hasta este punto????

Te cuento que hice algunas pruebas en un geonetwork que tengo local, y cuando voy a "regenerar" el índice, los metadatos que ya tenía almacenados, la información se pierde, es muy raro lo que sucede, que pasará??

Y si en la última instancia, en la búsqueda avanzada, se quiere que aparezca el campo personalizado de buscar por "Autor" es de lo que hablabas de "facets ó summary"

Te agradezco tu colaboración tan importante para mi.

Saludos.

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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
2015-06-25 23:40 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Hola Maria...
>
> Le eche un vistazo a los links que me suministras, al igual de este:
>
> http://geomati.co/dataportal/search-service.html
>
> Si es como lo entendí, armé esta sintaxis, puesto que el requerimiento es
> utilizar la búsqueda por el "autor" de los metadatos:
>
> /opt/tomcat/webapps/geonetwork/WEB-INF/data/config/schema_plugins/iso19139/index-fields
>
> *1. *
>
> <xsl:for-each
> select="gmd:contact/gmd:CI_ResponsibleParty/gmd:individualName/gco:CharacterString">
>     <Field name="autormeta" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
> </xsl:for-each>
>
> *2.*
>
> En /opt/tomcat/webapps/geonetwork/WEB-INF/config-lucene.xml
>
> <tokenized>
>   <Field name="autormeta"/>
>
> y
>
> <dumpFields>
>   <field name="autormeta" tagName="autormeta"/>
>
> Como estoy hasta este punto????

Pues si lo único que quieres es la búsqueda avanzada, has hecho de más
:) Pero tampoco importa, no sobra.

> Te cuento que hice algunas pruebas en un geonetwork que tengo local, y
> cuando voy a "regenerar" el índice, los metadatos que ya tenía almacenados,
> la información se pierde, es muy raro lo que sucede, que pasará??

No entiendo la pregunta.

A ver si esto te aclara: las búsquedas se hacen en base al índice. Si
borras y regeneras el índice, mientras se regenera, la búsqueda estará
incompleta. ¿Esto?

> Y si en la última instancia, en la búsqueda avanzada, se quiere que aparezca
> el campo personalizado de buscar por "Autor" es de lo que hablabas de
> *"facets ó summary"*

No, eso es lo que aparece a un lado de la interfaz (a partir de la UI
de html5) para filtrar. Lo que vas a tener que hacer es añadir un
nuevo campo a la búsqueda avanzada. Y la forma de hacerlo varía según
qué UI estés usando. Si es la html5 creo que debes mirar en
SearchApp.js (lo estoy diciendo de cabeza, lo mismo ese fichero llama
a otro).

Pero yo primero probaría a ver que el servicio Q (el que se llama
cuando haces una búsqueda) devuelve los valores correctos si filtras
por autormeta (el nombre que le diste a tu campo).

> Te agradezco tu colaboración tan importante para mi.

Ya sabes... si algún día tienes que contratar a alguien para trabajar
con GeoNetwork, GeoCat está ahí ;-) No hay mejor forma de agradecer el
favor.

Sin presiones, simplemente la nota de "recuerda que todo este software
no sale de la nada". Siento que tengo que soltarlo de vez en cuando.

>
> Saludos.
>
>
>
>
>
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Hola María,

He realizado las modificaciones que te indiqué en el reply anterior, pero no me funciona, te adjunto los pantallazos con el proceso.

La inserción de la línea con la variable "autormeta" en el archivo index-fields



Se agregó <dumpFields> 
<field name="autormeta" tagName="autormeta"/> 




Al igual que: <tokenized> 
>   <Field name="autormeta"/> 




En el momento que voy a realizar la búsqueda por un autor de metadatos, en especifico un metadato que subí al geonetwork de prueba, el autor se llama Jorge, pero hago la búsqueda y no arroja ningún resultado.



En que podré estar fallando????

Gracias una vez más.
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
Hola,

Veo que no usas el parámetro fast=index. Prueba a añadirlo. Eso es lo
que dice que hagas la búsqueda usando Lucene.

Si esto no funciona, vamos por partes. Perdona si hago preguntas
tontas, pero a veces la respuesta está en lo más tonto del todo.

¿Has comprobado que se haya desplegado bien el cambio, que en el war
está el fichero bien? (en el webapps o como quiera que lo despliegues)
¿Has hecho un rebuild del índice después de añadir esto?
¿El metadato es de iso19139 (donde has puesto el index fields)?
¿Has comprobado en la vista XML que el nombre del autor está en el
xpath que has puesto?

Si todo eso está bien, puedes probar a meter un xsl:message en los
ficheros xslt:
http://www.w3schools.com/xsl/el_message.asp

Así te puedes asegurar de que el metadato se está procesando bien. Eso
saldrá por consola, no me acuerdo si en el log también se imprime.

La idea de ir debugueando con xsl:message es que compruebes que se
ejecuta ese for-each y que incluso imprimas cual es el valor que se
está usando. Así te aseguras de que se guarda en el índice y que se
guarda con el valor que es.

El siguiente paso sería coger una herramienta externa de Lucene y
comprobar que el valor está efectivamente en el índice. Yo este paso
lo tuve que hacer la primera vez que metí un valor porque no conseguía
que me saliera tampoco. Es bastante engorroso, así que si puedes
apañártelas con el xsl:message... mucho mejor.

Si todo esto no va, habrá que echarle un vistazo más de cerca.

Un saludo,
María.


2015-07-02 16:30 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Hola María,
>
> He realizado las modificaciones que te indiqué en el reply anterior, pero no
> me funciona, te adjunto los pantallazos con el proceso.
>
> *La inserción de la línea con la variable "autormeta" en el archivo
> index-fields*
>
> <http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/file/n5214001/index-fieldsgeo.png>
>
> *Se agregó <dumpFields>
> <field name="autormeta" tagName="autormeta"/>
> *
>
> <http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/file/n5214001/configlucenegeo.png>
>
> *Al igual que: <tokenized>
>>   <Field name="autormeta"/> *
>
> <http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/file/n5214001/configlucenegeo2.png>
>
> En el momento que voy a realizar la búsqueda por un autor de metadatos, en
> especifico un metadato que subí al geonetwork de prueba, el autor se llama
> Jorge, pero hago la búsqueda y no arroja ningún resultado.
>
> <http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/file/n5214001/autormetageo.png>
>
> En que podré estar fallando????
>
> Gracias una vez más.
>
>
>
> --
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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
This post was updated on .
Hola Maria,

Aquí voy de nuevo:

1. Hice la nueva búsqueda adicionando el párametro:

http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index=autormeta=jorge (Es correcta la sintaxis?????)



Y el resultado es que arroja todos los metadatos que tengo almacenados en el Geonetwork así como también me filtra por la variable "autormeta" que sería referente al metadato que tiene por autor el nombre de "jorge". Aparentemente pienso yo, funciona, pero de acuerdo a las pruebas que he hecho con las otras variables que tiene por defecto ya configurado el Geonetwork por ejemplo: "title" y si especifico un nombre en especial, solo me arroja el del metadato en mención, no me arroja el de todos como es lo que pasa con la sintaxis (http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index=autormeta=jorge)



Ahora te respondo las preguntas

¿Has comprobado que se haya desplegado bien el cambio, que en el war
está el fichero bien? (en el webapps o como quiera que lo despliegues)


R/Hola, yo lo que hago es modificar los archivos que te indiqué, un restart al tomcat para que tome los cambios y listo.

¿Has hecho un rebuild del índice después de añadir esto?

R/Si lo he realizado

¿El metadato es de iso19139 (donde has puesto el index fields)?

R/Si, el metadato es de iso19239, he modificado el index-fields.xsl que esta en mi directorio:

/opt/tomcat/webapps/geonetwork/WEB-INF/data/config/schema_plugins/iso19139/

y las líneas del código lo he ubicado justo en esta sección:

<xsl:template match="*" mode="metadata">

                               

               

                <xsl:for-each select="gmd:identificationInfo//gmd:MD_DataIdentification|
                        gmd:identificationInfo//*[contains(@gco:isoType, 'MD_DataIdentification')]|
                        gmd:identificationInfo/srv:SV_ServiceIdentification">

                        <xsl:for-each select="gmd:citation/gmd:CI_Citation">
                                <xsl:for-each select="gmd:identifier/gmd:MD_Identifier/gmd:code/gco:CharacterString">
                                        <Field name="identifier" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
                                </xsl:for-each>

                <xsl:for-each select="gmd:identifier/gmd:RS_Identifier/gmd:code/gco:CharacterString">
                <Field name="identifier" string="{string(.)}" store="false" index="true"/>
                                </xsl:for-each>

       
                                <xsl:for-each select="gmd:title/gco:CharacterString">
                                        <Field name="title" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
                   
                    <Field name="_title" string="{string(.)}" store="false" index="true"/>
                                </xsl:for-each>
       
                                <xsl:for-each select="gmd:alternateTitle/gco:CharacterString">
                                        <Field name="altTitle" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
                                </xsl:for-each>

<xsl:for-each select="gmd:contact/gmd:CI_ResponsibleParty/gmd:individualName/gco:CharacterString">
    <Field name="autormeta" string="{string(.)}" store="true" index="true"/>
                </xsl:for-each>



¿Has comprobado en la vista XML que el nombre del autor está en el
xpath que has puesto?


R/Si, lo he comprobado, te adjunto la imagen de la vista en xml del metadato.

gmd:contact/gmd:CI_ResponsibleParty/gmd:individualName/gco:CharacterString



Por último lo que me indicas de comprobar el valor que se encuentre en el índice, lo haces a través de una herramienta llamada " Luke - Lucene Index Toolbox"??

Porque yo lo descargué, le dí los permisos para ejecutarlo, al iniciarlo me solicita un path donde se encuentra el index, según la guía que encontré es en:

$TOMCAT_HOME/webapps/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial

Esta es la guía: http://geomati.co/dataportal/search-service.html#interfaz-cliente-servidor

Pero en mi instalación de geonetwork esa ruta no la encuentro, por ende no puede verificarlo.

Gracias una vez más por toda tu ayuda.



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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

delawen
2015-07-02 23:04 GMT+02:00 cbeltran <[hidden email]>:

> Hola Maria,
>
> Aquí voy de nuevo:
>
> 1. Hice la nueva búsqueda adicionando el párametro:
>
> http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index=autormeta=jorge
> (Es correcta la sintaxis)
>
> <http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/file/n5214095/autormetageo4.png>
>
> Y el resultado es que arroja todos los metadatos que tengo almacenados en el
> Geonetwork así como también me filtra por la variable "autormeta" que sería
> referente al metadato que tiene por autor el nombre de "jorge".
> Aparentemente pienso yo, funciona, pero de acuerdo a las pruebas que he
> hecho con las otras variables que tiene por defecto ya configurado el
> Geonetwork por ejemplo: "title" y si especifico un nombre en especial, solo
> me arroja el del metadato en mención, no me arroja el de todos como es lo
> que pasa con la sintaxis
> (http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index=autormeta=jorge)

Prueba con

http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index&autormeta=jorge


> Por último lo que me indicas de comprobar el valor que se encuentre en el
> índice, lo haces a través de una herramienta llamada " Luke - Lucene Index
> Toolbox"??
>
> Porque yo lo descargué, le dí los permisos para ejecutarlo, al iniciarlo me
> solicita un path donde se encuentra el index, según la guía que encontré es
> en:
>
> $TOMCAT_HOME/webapps/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial
>

Por si lo anterior no funciona:

¿Cómo lanzas la aplicación? Si es un Tomcat externo, eso tiene
sentido. SI no, no.

Si es un Tomcat dentro de eclipse mira en
.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp*/wtpwebapps/cobweb-web-app/WEB-INF/data/index
dentro del workspace. Ten en cuenta que he puesto un asterisco porque
no sé qué número será el tomcat que tengas configurado.

O puedes lanzarlo con jetty y aprovechar para hacer un clean:
mvn clean package -DskipTests jetty:run -Penv-dev
Esto se lanzaría en la carpeta web

Un saludo,
María.

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Re: Consumo de recursos alto - Geonetwork

cbeltran
Hola Maria

Ejecuté los parámetros:

http://192.168.16.47:8080/geonetwork/srv/spa/q?fast=index&autormeta=jorge

Aquí el resultado:



¿Cómo lanzas la aplicación? Si es un Tomcat externo, eso tiene
sentido. SI no, no.


El Tomcat a mi modo de ver se encuentra externo, ya que lo descargué y lo instalé en el directorio /opt/ como un enlace simbolico. Este es el directorio de la aplicación: /opt/tomcat/webapps/geonetwork

Lo que te indicaba de verificar si las variables estaban indexadas lo encontré en esta url:

http://geomati.co/dataportal/search-service.html

y lo del luke lucene lo dice en esta parte de la guía:



Gracias una vez más...